Wird die Gärung in Glasflaschen durchgeführt, so spricht man von Flaschengärung. Dabei unterscheidet man die traditionelle Methode und das Transvasierverfahren. Der Unterschied zwischen beiden liegt in der Art und Weise, wie die Hefe nach der Gärung aus der Gärflasche entfernt wird.
Bei der Herstellung von Champagner, Cava und Crémant ist die traditionelle Methode (méthode champenoise) zwingend vorgeschrieben. Dabei wird der mit Hefe und Zucker versetzte Grundwein in Flaschen gefüllt, die mit Kronkorken verschlossen werden. Nach der Gärung wird die Hefe in der verschlossenen Flasche in die Mündung bewegt. Dieser Vorgang wird als Abrütteln bezeichnet. Der süffige Inhalt braucht dabei die Flaschen nicht zu verlassen. Jedes mit dieser Methode vergorene Getränk ist in seiner Flasche ein Unikat. Das Abrütteln dauert insgesamt 3 bis 5 Wochen. Der längere Verbleib der Hefe in der Flasche wirkt sich positiv auf den Geschmack aus.
Nach dem Abrütteln folgt das eigentliche Enthefen, das sogenannte Degorgieren. Dafür wird der Kronkorken abrupt entfernt und durch den Innendruck schießt das am Flaschenhals sitzende Hefedepot aus der Flasche heraus. Da bei dieser Methode immer etwas Sekt verloren geht, wird die Flasche mit der Dosage aufgefüllt, verschlossen und abschließend etikettiert.